Bernharður Wilkinson hefur verið mikilvirkur í íslensku tónlistarlífi sem kennari, flytjandi og stjórnandi, frá því hann réðst til Sinfóníuhljómsveitar Íslands haustið 1975. Orðstír hans sem stjórnanda vex stöðugt og í febrúar 1999 var hann ráðinn aðstoðarhljómsveitarstjóri Sinfóníuhljómsveitar Íslands. Bernharður hefur stjórnað Sinfóníuhljómsveit æskunnar, Lúðrasveit æskunnar og Kammersveit Reykjavíkur. Hann stjórnar einnig sönghópnum Hljómeyki. Bernharður hefur leikið með Blásarakvintett Reykjavíkur frá stofnun hans en kvintettinn, sem fagnar tuttugu ára afmæli um þessar mundir, er orðinn heimsþekktur og hafa verið gefnir út átta geisladiskar með leik þeirra félaga.  Bernharður Wilkinson var kórstjóri Söngsveitarinnar Fílharmóníu frá 1996 til 2003 hélt hanna áfram á þeirri braut sem fyrirrennarar hans mörkuðu um flutning stórra kórverka. Undir hans stjórn flutti Söngsveitin meðal annars Gloriu Vivaldis, Nelson-messu Haydns, Sálumessu Mozarts og vorið 2000 stjórnaði Bernharður frumflutningi Söngsveitarinnar, Selkórsins og Sinfóníuhljómsveitar Íslands á Immanúel eftir Þorkel Sigurbjörnsson. Bernharður hefur lagt áherslu á að kórinn hafi ætíð á takteinum íslensk og erlend lög til flutnings með eða án undirleiks og hefur hann stjórnað kórnum á nokkrum tónleikum með slíkri efnisskrá undanfarin ár. Skemmst er að minnast söngferðalags kórsins til Ungverjalands og Slóveníu í júní 2001 en þar var einmitt sungin undir hans stjórn fjölbreytt efnisskrá veraldlegra og kirkjulegra verka. Haustið 1999 gaf Söngsveitin út undir hans stjórn geisladiskinn Heill þér himneska orð og hefur diskurinn hlotið góða dóma í fjölmiðlum.